O peso molecular também varia muito de acordo com a proteína, que pode ser de 10.000 (proteínas pequenas) a mais de 106 (proteínas com muitas subunidades ou com longas cadeias polipeptídicas).
O número de resíduos de aminoácidos de uma proteína pode ser calculado dividindo seu peso molecular por 110. Essa conta só é válida para proteínas simples, sem outros grupos químicos.
Algumas proteínas, porem, podem ser formadas por grupos diferentes dos aminoácidos. As proteínas que possuem apenas aminoácidos em sua fórmula são chamadas de proteínas simples. As proteínas que contêm outros elementos químicos são chamadas de proteínas conjugadas.
A região da proteína onde está esse elemento é chamado de grupo prostético. É o tipo de grupo prostético que classifica cada grupo de proteínas, por exemplo: proteínas que contêm lipídios são chamadas de lipoproteínas, proteínas que contêm açúcares são chamadas de glicoproteínas, etc.
Pode haver mais de um grupo prostético em uma proteína, e cada um tem a sua função biológica específica.
A seqüência da cadeia de aminoácidos de uma cadeia polipeptídica pode ser determinada. Os polipeptídios pequenos são sequenciados usando procedimentos automatizados. Quando vai se determinar a seqüência de uma cadeia polipeptídica, o primeiro passo consiste em quebrá-la por hidrólise e determinar a composição de aminoácidos e, em seguida, determinar os aminoácidos terminais.
Quando se trata de polipeptídios de cadeias muito grandes, a identificação deve ser feita utilizando pequenos segmentos, pois a precisão tende a diminuir conforme aumenta o tamanho da cadeia.
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